\documentclass[12pt,a4paper,oneside]{book}
\usepackage{a4wide}                     % Iets meer tekst op een bladzijde
\usepackage[english]{babel}       % Voor nederlandstalige hyphenatie (woordsplitsing)
\usepackage{amsmath}                    % Uitgebreide wiskundige mogelijkheden
\usepackage{amssymb}                    % Voor speciale symbolen zoals de verzameling Z, R...
\usepackage{url}                       % Om url's te verwerken
\usepackage{graphicx}                   % Om figuren te kunnen verwerken
\usepackage[small,bf,hang]{caption2}    % Om de captions wat te verbeteren
\usepackage{xspace}                     % Magische spaties na een commando
\usepackage[latin1]{inputenc}           % Om niet ascii karakters rechtstreeks te kunnen typen
\usepackage{float}                      % Om nieuwe float environments aan te maken. Ook optie H!
\usepackage{flafter}                    % Opdat floats niet zouden voorsteken
\usepackage{listings}                   % Voor het weergeven van letterlijke text en codelistings
\usepackage{marvosym}                   % Om het euro symbool te krijgen
\usepackage{textcomp}                   % Voor onder andere graden celsius
\usepackage{fancyhdr}                   % Voor fancy headers en footers.
\usepackage{graphics}			% Om figuren te verwerken.
\usepackage[nottoc]{tocbibind} % Bibliografie in ToC; zie tocbibind.dvi
%\usepackage{pstricks}
\usepackage{longtable}
\usepackage{algorithm}
\usepackage{pdfpages}  % pdf pagina's importeren
\usepackage{remreset}
\makeatletter\@removefromreset{footnote}{chapter}\makeatother


%\newcommand{\npar}{\par \vspace{2.3ex plus 0.3ex minus 0.3ex} \indent}	% Om witruimte te krijgen tussen paragrafen
\newcommand{\npar}{\par \vspace{2.3ex plus 0.3ex minus 0.3ex} \noindent}	% Om witruimte te krijgen tussen paragrafen
\newcommand{\ITRAQ}{
iTRAQ\begin{tiny}$^{TM}$\end{tiny}
}

% iTRAQ tm benaming!

\graphicspath{{figures/}}               % De plaats waar latex zijn figuren gaat halen.
%\usepackage[bf]{caption2}	% Mooiere captions
%\usepackage{caption}
\usepackage[a4paper,colorlinks=true,plainpages=false]{hyperref}    % Om hyperlinks te hebben in het pdfdocument.
\newcommand{\command}[1]{\lstinline[basicstyle=\tt]{#1}\xspace} %Voor commando's

% Het bibliografisch opmaak bestand.
\bibliographystyle{unsrt}
%\bibliographystyle{bibliodutch}
%\bibpunct{[}{]}{,}{n}{,}{,}

\renewcommand{\chaptermark}[1]{\markright{\MakeUppercase{#1}}}
\renewcommand{\sectionmark}[1]{\markright{\thesection~#1}}
\newcommand{\headerfmt}[1]{\textsl{\textsf{#1}}}
\newcommand{\headerfmtpage}[1]{\textsf{#1}}

\fancyhf{}
\fancyhead[LE,RO]{\headerfmtpage{\thepage}}
\fancyhead[LO]{\headerfmt{\rightmark}}
\fancyhead[RE]{\headerfmt{\leftmark}}
\renewcommand{\headrulewidth}{0.5pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0pt}

\fancypagestyle{plain}{ % eerste bladzijde van een hoofdstuk
  \fancyhf{}
  \fancyhead[LE,RO]{\headerfmtpage{\thepage}}
  \fancyhead[LO]{\headerfmt{\rightmark}}
  \fancyhead[RE]{\headerfmt{\leftmark}}
  \renewcommand{\headrulewidth}{0.5pt}
  \renewcommand{\footrulewidth}{0pt}
}

\renewcommand{\lstlistoflistings}{\begingroup
   \tocfile{\lstlistlistingname}{lol}
\endgroup}

% anderhalve interlinie (opm: titelblad gaat uit van 1.5)
\renewcommand{\baselinestretch}{1.5}
\hypersetup{
    colorlinks=true,
    pdfauthor = {Kenny Helsens},
    pdftitle = {Peptizer_manual},
    pdfsubject = {Guide for the Peptizer platform. (http://genesis.ugent.be/peptizer/)}
}

\begin{document}
\nocite{*}
\selectlanguage{english}
\renewcommand\lstlistlistingname{Lijst van codefragmenten}
\renewcommand\lstlistingname{Codefragment}

\frontmatter
%\input{s-titel}

% lege pagina (!!)
%\newpage
%\vfil\null
%\newpage

% titelblad (!!)
\input{peptizer-title}

% geen paginanummering tot we aan de inhoudsopgave komen
\pagestyle{empty}

% voorwoord met dankwoord en toelating tot bruikleen (ondertekend)
%\input{s-voorwoord}

% overzicht
%\include{s-overzicht}

% abstract
%\addcontentsline{toc}{chapter}{Extended abstract}
%\includepdf[pages=-]{../abstract/abstract.pdf}

\pagestyle{fancy}
\renewcommand{\baselinestretch}{1.08} 	% De interlinie afstand wat verkleinen.
\small\normalsize                       % Nodig om de baselinestretch goed te krijgen.
\addcontentsline{toc}{chapter}{Table of contents}
\tableofcontents
\renewcommand{\baselinestretch}{1.2} 	% De interlinie afstand wat vergroten.
\small\normalsize                       % Nodig om de baselinestretch goed te krijgen.
\input{peptizer-abbreviations}

\mainmatter
\input{peptizer-introduction}
\input{peptizer-installation}
\input{peptizer-usage}
\input{peptizer-extensions}


\backmatter
%\input{peptizer-faq}
%\listoffigures
%\addcontentsline{toc}{chapter}{Lijst van codefragmenten}
%\lstlistoflistings

% lege pagina (!!)

% kaft



\end{document}
